杀菌的主要对象是肉毒芽孢螺旋杆菌，此种菌能产生对人体造成致命伤害的毒素，其属耐热性厌氧菌，在121℃环境中三分将钟将失去生物活性，在100℃环境中6个小时左右失去生物活性。当然，温度越高，该病菌存活时间越短。121℃杀菌时，食品中心F值达到4，食品中就不会检测出肉毒芽孢螺旋杆菌，达到了商业无菌的要求。

所以对食品进行杀菌，温度一般都会控制在121℃左右，温度太高对食品的风味会产生不良影响。如果某点的温度低于平均温度，那么该点就不能达到预定的杀菌F值，这个点附近的食品就无法达到杀菌要求。这就要求杀菌锅内各点在升温时温度必须迅速达到一致，保持各点F值高度一致，这样才能迅速结束杀菌过程。降温也要迅速，大限度减少杀菌流程时间。