杀菌锅可以使用多种不同的杀菌锅系统，对密封包装在容器内无菌的食品，操作杀菌锅的时候，也会有不同的控制模式，杀菌锅的控制模式如下：
 

　　1、手动控制：杀菌锅所有阀门和泵都是手动控制，包括加水、升温、保温和降温。
 

　　2、电脑自动控制型：杀菌锅整个过程由PLC和触摸屏控制，杀菌过程可存储。操作人员只需按下启动按钮，灭菌后自动报警，控温精度可达0.1°。
 

　　3、电气半自动控制型：压力由电接触压力表控制，温度由传感器和进口温控器控制，冷却过程由人工操作。