全自动杀菌锅的杀菌原理首先在热水菌罐内被加热的杀菌用水，被迅速置入杀菌室，向食物释放大量的热量，使食物迅速升温，其中浸泡食物的水用外界的循环泵做高速的流动，并且会在杀菌室内有规律的调整水流方向，促进整个杀菌室内水在每个包装物间不断流动，从而保证杀菌室内各点温度一致，达到均匀杀菌。降温时，外界的凉水直接进入杀菌室与食物接触，迅速降温。杀菌完肝，高温的水被回收到有保温的热水罐内，保存热量不被散失，节约了大量热能，且为下次杀菌做好准备，节省了时间。

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