全自动杀菌锅使用简单，但先要制订一个合理杀菌锅操作规程。而杀菌锅规程的制订需由杀菌工艺来确定，必须建立在良好的热分布基础上来制订。杀菌锅操作规程包括一系列的因素，如；初温、升温时间、恒温时间等等，杀菌锅操作规程制订后，只需把这些参数（升温、恒温和冷却时间）输入自动控制系统，杀菌锅就可以自动控制了。全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，操作工只需按启动按钮即可，杀菌完毕后自动报警，温控精度可达±0.1℃。

   杀菌锅的选择原则：

   主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。